近期規劃實施方案
組成“十字”型骨架網，由1號線、2號線一期以及深圳地鐵14號線惠州段、深圳16號線惠州段組成，線網總長約115公里。
其中：1號線全線約70公里；2號線一期海天工業園——仲愷高鐵站約28.4公里
深圳地鐵14號線惠州延長段線路全長約11公里；深圳地鐵16號線惠州延長段線路全長約6公里。
遠期線網方案
遠期線網規劃方案(至2035年)為放射狀線網，共包含5條線路，分別為惠州軌道交通1、2、3號線和深圳地鐵14、16號線惠州段，線網總長約172公里。
1號線：組團間骨干快線，途經惠州北高鐵站、惠州火車站、江北核心區、云山城際站、東平、河南岸、麥地、惠州學院、惠城南高鐵站、惠陽汽車總站、惠州南站、大亞灣等重要地區，主要滿足惠城、惠南與惠陽-大亞灣組團之間的軌道交通聯系，實現惠州主要交通樞紐之間的快速通達。線路全長約70公里，設站約27座。旅游攻略http://www.936579.cn
2號線：組團間骨干線路，途經仲愷高鐵站、潼湖智慧區、惠環城際站、古塘坳、客運南站、麥地、河南岸、金山湖、馬安、東江科技城以及柯樹排等地區。主要聯系惠城組團和仲愷組團、東江科技城等。線路全長約47.7公里，設站約22座。
3號線：組團間骨干線路，途經江北西區、惠州火車站、江北東區、水口、馬安、空港產業園、惠州機場等重要地區。主要實現惠城核心區、空港產業園、惠州機場之間的軌道交通聯系，促進空港產業園的發展。線路全長約37.0公里，設站約15個。
深圳地鐵14號線惠州延長段線路全長約11公里，設站約5座。
深圳地鐵16號線惠州延長段線路全長約6公里，設站約3座。
遠景線網方案
遠景線網在遠期線網規劃方案1、2號線不變的基礎上，3號線向東西(惠東縣、博羅縣)延伸，新增4、5號線對整體軌道線網進一步加密完善，并統籌考慮與周邊城市的軌道銜接，線網總長約310公里。
1、惠州城市軌道線路
3號線：遠景將3號線西部延伸至博羅體育中心，東端延伸至廈深鐵路惠東站，主要實現博羅、惠城核心區、空港產業園、惠州機場以及惠東之間的軌道交通聯系，促進空港產業園、博羅、惠東的一體化發展。線路全長約77.1公里。
4號線：組團內加密線路，串聯新圩、惠陽西部以及大亞灣核心片區，主要加強惠陽與大亞灣之間的交通聯系，促進新圩片區的開發建設，預留與東莞4號線銜接條件。線路全長約31.5公里。
5號線：組團間加密線路，串聯博羅核心區、龍溪片區與惠州北高鐵站，預留與東莞3號線銜接銜接，主要起到加強博羅與惠城、東莞聯系的功能。線路全長約37.4公里。
2、與周邊城市軌道銜接情況
深圳8號線：自深惠邊界至中興中路，長約9.7公里;
深圳19號線：自深惠邊界至鐵門扇，長約11.9公里;
深圳21號線：自深惠邊界至新圩，長約7.3公里。
預留4、5號線與東莞市軌道線路的銜接條件
預留廣州16號線延伸到惠州龍門縣城和21號線延伸到惠州博羅羅浮新城等2條線路通道
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